中國海關(guān)總署是中國海關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)，是國務(wù)院直屬機構(gòu)，實行集中統(tǒng)一的垂直領(lǐng)導(dǎo)管理體制，統(tǒng)一管理全國海關(guān)。海關(guān)總署機關(guān)內(nèi)設(shè)15個部門，并管理6個直屬事業(yè)單位、4個社會團體和3個駐外機構(gòu)。中央紀(jì)委監(jiān)察部在海關(guān)總署派駐紀(jì)檢組監(jiān)察局。

垂直領(lǐng)導(dǎo)管理體制的特點主要體現(xiàn)在：中國海關(guān)總署的最高領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)是海關(guān)總署，統(tǒng)一管理全國海關(guān)，中國海關(guān)總署最高行政領(lǐng)導(dǎo)是署長(現(xiàn)任海關(guān)總署署長牟新生);國家在對外開放口岸和海關(guān)監(jiān)管業(yè)務(wù)集中的地點設(shè)立海關(guān)，海關(guān)的隸屬關(guān)系不受行政區(qū)劃的限制;各地海關(guān)依法獨立行使職權(quán)，向中國海關(guān)總署負(fù)責(zé)，不受地方政府及其他機關(guān)干預(yù)。除廣東分署，天津、上海特派辦和海關(guān)院校外，全國共設(shè)有41個直屬海關(guān)。

1、研究擬定海關(guān)工作的方針、政策、規(guī)章和發(fā)展規(guī)劃并組織實施和監(jiān)督檢查；

2、研究擬定關(guān)稅征管條例及實施細(xì)則，組織實施進出口關(guān)稅及其他稅費的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷、反補貼措施；

3、組織實施進出境運輸工具、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿(mào)易、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅倉庫及其他業(yè)務(wù)的監(jiān)管制度并組織實施；

4、研究擬定進出口商品分類目錄，擬定進出口商品原產(chǎn)地規(guī)則，組織實施知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護；

5、編制國家進出口貿(mào)易統(tǒng)計，發(fā)布國家進出口貿(mào)易統(tǒng)計信息；

6、統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實施海關(guān)緝私；

7、研究擬定口岸對外開放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)劃的具體措施和辦法，審理口岸開放；

8、垂直管理全國海關(guān)，包括管理全國海關(guān)的組織機構(gòu)、人員編制、工資福利、教育培訓(xùn)及署管干部任免；

9、研究擬定海關(guān)科技發(fā)展計劃，組織實施海關(guān)信息化管理，管理全國海關(guān)經(jīng)費、固定資產(chǎn)和基本建設(shè)；

10、開展海關(guān)領(lǐng)域的國際合作與交流；

11、承辦國務(wù)院交辦的其他事項。