專項工程支出是指各主管部門撥付給各工程、項目或單位具有專門用途的資金支出。該項支出憑撥款計劃、收款單位（收款人）開具的合法有效票據(jù)，經項目部門（人員）證明認定，財務管理員、證明人、財務審批人簽字后，方可入賬。

新制度將“專項工程支出”科目改設“在建工程”科目。調帳時，應按本規(guī)定首先對“專項工程支出”科目進行相應調整后，再將余額轉入“在建工程”科目。

企業(yè)會計制度中的“在建工程”科目（工業(yè)、運輸、商品流通企業(yè)等會計制度中稱為“在建工程”，房地產、外經企業(yè)會計制度中稱為“固定資產購建支出”，施工企業(yè)會計制度中稱為“專項工程支出”，下同），分設為“基建工程支出”、“更改工程支出”、“大修理工程支出”和“工程物資”四個一級科目。對于基本建設業(yè)務不多或工程量不大的企業(yè)，仍可沿用“在建工程”科目，并在本科目下設置有關明細科目進行明細核算。